克罗恩病可以累及从口腔到肛门的任何一段消化道。而且克罗恩病的病变累及全层，呈“跳跃”现象（病变肠道和正常健康的肠道可交替存在）。它最常累及的部位是小肠末端（回肠末端）。克罗恩病的临床表现较溃疡性结肠炎复杂。不同的累及部位、不同程度的病变，可以出现不同的临床表现，比如腹痛、腹泻、消瘦、贫血、大便出血、发热、乏力、腹部包块等，儿童常常有发育迟缓等问题。有的患者可能有肛裂或肛瘘，且可以早于肠道病变发生，会引起疼痛及出血，尤其在大便时发生。肠道的炎症也可以引起肠瘘，即肠襻间或肠道与其他脏器（如膀胱、阴道或皮肤）之间的通道。肠瘘多发生在肛周，这时您会发现有黏液、脓液或粪便从瘘口排出。克罗恩病如果不积极治疗，5年后发生肠梗阻、肠穿孔、肠癌的风险增加。
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