远端胃肠道含有的微生物不仅数量庞大而且种类繁多，其中细菌占显著优势。细菌数量不低于，且以绝对厌氧菌为主，并包括数千种不同的菌群，其中许多未经培养鉴定。这些细菌可与肠黏膜相互作用并影响肠道通透性；对于营养物质的吸收、分布、代谢和排泄发挥重要作用，并且可以触发（自身）免疫。
近年来研发的高通量检测方法，包括宏基因组测序，有助于阐明微生物群组成与人类健康的相关性。食物和益生元或益生菌可以轻度、暂时性改变肠道微生物的组成；而抗生素会导致肠道菌群组成发生明显变化。
用于改变胃肠道微生物群的一种新的、尚未成熟的方法是粪便微生物移植（fecalmicrobiotatransplantation，FMT）。中国开创了人类粪便用于临床治疗的先例。早在公元四世纪，葛洪在《肘后备急方》中记载了利用粪便治疗多种疾病的处方。
多年以后，RalphLewin报道“贝都因人（Bedouins）推荐用新鲜、温暖的骆驼粪便治疗细菌性痢疾；该方法的疗效得到了二战期间非洲战场的德国士兵证实”。
年Eiseman等首次将FMT作为主流医学方法治疗伪膜性结肠炎［该病可能系难辨梭状芽孢杆菌感染（Clostridiumdifficileinfection，CDI）所致］。此后，由于其治疗CDI的有效性和易用性，FMT益发受到白癜风治疗过程白癜风专治医院
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